Bendera Negara digunakan sebagai tanda berkabung apabila Presiden atau Wakil Presiden, mantan Presiden atau mantan Wakil Presiden, pimpinan atau anggota lembaga negara, menteri atau pejabat setingkat menteri, kepala daerah, dan/atau pimpinan dewan perwakilan rakyat daerah meninggal dunia.[25] Bendera Negara yang akan dikibarkan setengah tiang, dinaikkan hingga ke ujung tiang terlebih dahulu, dihentikan sebentar dan diturunkan tepat setengah tiang. Jika Bendera Negara yang dikibarkan setengah tiang hendak diturunkan, maka dinaikkan terlebih dahulu hingga ujung tiang, dihentikan sebentar, kemudian diturunkan.[26]

Durasi pengibaran bendera setengah tiang dijelaskan sebagai berikut:

• Bendera negara dikibarkan setengah tiang selama tiga hari setelah wafatnya Presiden atau Wakil Presiden, mantan Presiden atau mantan Wakil Presiden di seluruh wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia dan semua kantor perwakilan Republik Indonesia di luar negeri. Ini wajib dilakukan oleh seluruh instansi baik pemerintah atau swasta, serta warga negara yang menguasai hak penggunaan rumah, gedung, kantor dan/atau satuan pendidikan.
• Bendera negara dikibarkan setengah tiang selama dua hari setelah wafatnya pimpinan lembaga negara dan menteri atau pejabat setingkat menteri. Pengibaran Bendera Negara setengah tiang hanya terbatas pada gedung atau kantor pejabat negara yang bersangkutan
• Bendera negara dikibarkan setengah tiang selama satu hari setelah wafatnya anggota lembaga negara, kepala daerah dan/atau pimpinan dewan perwakilan rakyat daerah. Pengibaran Bendera Negara setengah tiang hanya terbatas pada gedung atau kantor pejabat yang bersangkutan. [27]

Bendera negara juga dapat dikibarkan setengah tiang pada:

• Tanggal 26 Disember — memperingati Gempa bumi dan tsunami Samudra Hindia 2004
• Tanggal 30 September — memperingati tragedi pengkhianatan G30S/PKI.[28]
• Tanggal 12 Oktober — memperingati peristiwa Bom Bali I
• Berkala — pada hari setiap terjadinya bencana nasional maupun aksi terorisme yang menewaskan banyak nyawa.
• Hari berkabung lainya yang ditentukan pemerintah.